Variant Calling by Unified Genotyper

I am using GATK version 3.6 tool Unified Genotyper for variant calling in pooled data set but I am unable to detect mutation in positive control, but when I used GATK 3.5 Unified Genotyper, I am able to detect the mutation in positive control.

Can you please explain what are the changes in the new version in Unified Genotyper and why this is happening?

Thanks in advance.

Regards
Prateek

Answers

  • SheilaSheila Broad InstituteMember, Broadie, Moderator

    @prateekg04
    Hi Prateek,

    I don't think there were any changes to UnifiedGenotyper, so there should be no differences in results. Can you please post the exact command you ran in both versions? Can you also post an IGV screenshot of the position?

    Thanks,
    Sheila

  • prateekg04prateekg04 IndiaMember

    Hi Sheila,

    Please find the command line below used for the UnifiedGenotyper and I have put few lines from the vcf files, my positive control is GGH1-2 position 86 change G->A. As you can see there are lot of differences in the snps list identified by both the versions. Can you please help me.

    java -jar -Xmx64g /home/manager/Downloads/GenomeAnalysisTK-3.5/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -R tilling.fa -I C1_S1.sorted.bam -o C1_S1_UG3.5.vcf -stand_call_conf 20.0 -stand_emit_conf 20.0 -glm BOTH -ploidy 96

    DHFS1 472 . A T 37.82 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=0.850;DP=239;Dels=0.00;FS=8.441;HaplotypeScore=81.2383;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=0.16;ReadPosRankSum=-3.191;SOR=0.006 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:235,4:239:1
    GGH1-2 33 . T C 38.37 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=0.137;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5713;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=0.15;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.000 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:247,3:250:1
    GGH1-2 86 . G A 38.36 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=1.783;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2406;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.000 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:247,3:250:1
    GGH1-2 241 . C T 33.50 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=1.354;DP=242;Dels=0.00;FS=5.810;HaplotypeScore=48.0469;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=0.14;ReadPosRankSum=-1.813;SOR=0.025 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:238,3:242:1
    GGH1-2 302 . C A 22.08 . AC=3;AF=0.023;AN=128;BaseQRankSum=-5.350;DP=250;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=90.3176;MLEAC=3;MLEAF=0.023;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=0.09;ReadPosRankSum=-2.262;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1/1:230,20:250:1
    GGH1-2 315 . G T 38.15 . AC=4;AF=0.031;AN=128;BaseQRankSum=-3.675;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5570;MLEAC=4;MLEAF=0.031;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.663 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1/1/1:232,17:250:0
    GGH1-2 323 . T C 26.17 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=0.454;DP=250;Dels=0.00;FS=3.527;HaplotypeScore=120.0681;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=0.11;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.096 GT:AD:DP:GQ 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/

    java -jar -Xmx64g /home/manager/Downloads/GenomeAnalysisTK-3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -R tilling.fa -I C1_S1.sorted.bam -o C1_S1_UG3.6.vcf -stand_call_conf 20.0 -stand_emit_conf 20.0 -glm BOTH -ploidy 96

    DHFS1 472 . A T 37.82 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=0.776;DP=239;Dels=0.00;FS=9.477;HaplotypeScore=74.7361;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=0.16;ReadPosRankSum=-3.198;SOR=0.004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:235,4:239:1:56,1,0,2,6,11,17,23,29,36,42,49,56,64,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647
    GGH1-2 191 . A G 21.49 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=-1.034;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6565;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.781;QD=0.09;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1:245,3:250:1:40,1,0,3,7,13,19,25,32,39,46,54,62,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647
    GGH1-2 302 . C A 110.05 . AC=6;AF=0.047;AN=128;BaseQRankSum=-4.092;DP=250;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=99.7282;MLEAC=6;MLEAF=0.047;MQ=59.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.930;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.911;SOR=1.593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/1/1/1/1/1/1:231,19:250:1:126,38,18,8,3,1,0,1,2,4,7,10,14,18,22,26,31,36,42,47,53,59,65,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647,2147483647
    GGH1-2 323 . T C 30.61 . AC=2;AF=0.016;AN=128;BaseQRankSum=0.466;DP=250;Dels=0.00;FS=3.929;HaplotypeScore=117.1911;MLEAC=2;MLEAF=0.016;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=0.13;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/0/

    Thanks,
    Prateek

    Issue · Github
    by Sheila

    Issue Number
    1117
    State
    closed
    Last Updated
    Assignee
    Array
    Milestone
    Array
    Closed By
    chandrans
  • SheilaSheila Broad InstituteMember, Broadie, Moderator

    @prateekg04
    Hi Prateek,

    It turns out much of the underlying genotyping machinery is common to UnifiedGenotyper and HaplotypeCaller. It is possible that some changes made in HaplotypeCaller also changed UnifiedGenotyper's behavior. Have a look at the release notes which document the exact changes in each release.

    -Sheila

  • prateekg04prateekg04 IndiaMember

    Hi Sheila,

    So can you suggest me which version of GATK is good for using UnifiedGenotyper for highly pooled samples. As I am unable to detect the mutation in positive control when used GATK 3.6 but I am still able to detect in GATK 3.5 and 3.4.

    Regards
    Prateek

  • SheilaSheila Broad InstituteMember, Broadie, Moderator

    @prateekg04
    Hi Prateek,

    Of course we recommend using the latest version as it has the most up-to-date changes and features. Although the one variant is not called with 3.6, there may be other true positives and true negatives called with 3.6. It is up to you to decide what is best for your goals.

    -Sheila

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